Santiago Fernández Mosquera ha investigado sobre prosa, poesía y teatro del Siglo de Oro. Ha trabajado sobre el recurso de los autores ficticios en el Quijote de Cervantes, el espacio en el Persiles y, derivadamente, su vinculación con la narración bizantina. La poesía amorosa de Quevedo fue objeto de su tesis doctoral y marcó el estudio de la obra quevediana como conjunto, desde aspectos léxicos hasta la más señalada aportación que supuso la edición del inédito Execración contra los judíos que le valió el premio, compartido con Fernando Cabo, a la mejor publicación de Humanidades de la Xunta de Galicia (1994). Ha publicado trabajos sobre la reescritura y la ideología de Quevedo, explicando su obra como un todo desde el punto de vista poético e ideológico, a pesar de las aparentes contradicciones del escritor. El análisis de la reescritura quevediana y la edición de su obra siguen siendo líneas de investigación que mantiene vigentes.

El trabajo sobre Calderón se ha centrado en la edición de sus textos, para cuya labor ha contado con la infraestructura de varios proyectos de investigación dentro del Grupo de Investigación Calderón (GIC), del que actualmente es coordinador. Fruto de esa tarea fue la edición de la Segunda parte de comedias (Biblioteca Castro, 2007) y las cinco tesis presentadas durante los últimos años. El trabajo ecdótico se ha visto completado por un último trabajo de conjunto centrado también en la reescritura y en el significado de sus fiestas mitológicas, monografía que intenta recuperar la valoración positiva del teatro impreso difundido como lectura que fue, a la postre, la mejor manera de supervivencia de la obra del dramaturgo. Más allá de los trabajos centrados en dichos autores, un estudio de tipo transversal sobre el tópico de la tormenta le ha permitido ofrecer una visión general de la literatura áurea a través de la funcionalidad de un mito. La implicación en la investigación sobre Quevedo y Calderón también se demuestra en la participación como fundador en dos revistas ya asentadas, La Perinola y Anuario Calderoniano (ACAL), referentes de calidad en el estudio de ambos.

Por otro lado, despliega una intensa labor de difusión de la literatura del Siglo de Oro y del estudio del español en todo el mundo, como se refleja en sus estancias como profesor invitado (universidades de Toulouse, Poitiers, Nanjin, Teherán y Münster) y en las más de cien conferencias y ponencias en distintas universidades de cuatro continentes. Al mismo tiempo, ha ejercido diversas tareas de gestión en la organización de seminarios y congresos, y en el desempeño de cargos unipersonales de secretario y director del departamento Lingua e Literatura Españolas, Teoría da Literatura e Lingüística Xeral de la Universidad de Santiago de Compostela, que todavía mantiene. Es destacable que la gestión también está vinculada con la transferencia de conocimiento y la implicación social, como es la promoción de la firma de un convenio con la multinacional INDITEX para la instauración de la Cátedra Inditex de Lengua y Cultura española en la Universidad de Daca (Bangladés), de la que ha sido subdirector y director desde su fundación en el año 2011. La labor de gestión e investigación se completa con su colaboración activa como evaluador y coordinador de distintos programas para la ANECA, la ANEP y el MIUR (CINECA) italiano. Además, en el año 2017 fue elegido Presidente de la Asociación Internacional Siglo de Oro (AISO).

Es aficionado a la fotografía y ha publicado el libro Las tierras escondidas. The Hidden Lands (Arunachal Pradesh, India), y ha realizado varias exposiciones. Las tierras escondidas. Exposición fotográfica (Assam y Arunachal Pradesh, India). Fotografía de Santiago Fernández Mosquera y Salvador Arellano. Museu Nacional Soares dos Reis (Porto, 4/12/2008 a 11/01/2009); Universidad de Navarra (Pamplona, febrero 2009); Instituto Castellano y Leonés de la Lengua (Palacio de la Isla, Burgos, febrero 2009); Universidade de Santiago de Compostela (Colexio de Fonseca, junio-julio, 2009); Lugo (Facultade de Veterinaria, ed. central, outubro-novembro 2009). Exposición fotográfica “Swagatam”, Santiago Fernández Mosquera y Salvador Arellano, Instituto Cervantes, Delhi (India), inauguración 11/11/2010.

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